Las plantas y animales que hoy se observan en el área donde se encuentra el Sitio Museo Finca 6 son producto de la regeneración natural que se ha llevado a cabo por mas de 10 años. Algunos sectores del sitio, en razón de la investigación arquelógica que se ha llevado a cabo, están desprovistos de vegetación, no obstante un porcentaje importante del área no sido intervenida y aquí se ha constituido un bosque secundario en etapas tempranas, con presencia de de especies típicas de áreas de crecimiento secundario y animales característicos de este tipo de bosque.

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